Στο πλαίσιο αυτής της συνεργασίας έχει αναλάβει και εκτελεί ήδη από το 2005 την τεχνική παρακολούθηση και τη διενέργεια των προβλεπομένων ενεργειακών επιθεωρήσεων, για τα έργα που υλοποιούνται στις παραπάνω περιφέρειες στα πλαίσια του Μέτρου 2.1.3 του Επιχειρησιακού Προγράμματος «ΑΝΤΑΓΩΝΙΣΤΙΚΟΤΗΤΑ» (ΕΠ.ΑΝ), μέσω του οποίου παρέχονται οικονομικά κίνητρα για την υλοποίηση εφαρμογών εξοικονόμησης ενέργειας και ανανεώσιμων πηγών ενέργειας. Ορισμένες από τις βιομηχανίες όπου υλοποιούνται τέτοια έργα, και για τα οποία το ΚΑΠΕ είναι υπεύθυνο για την τεχνική παρακολούθηση και τη διενέργεια των ενεργειακών επιθεωρήσεων, είναι η ΛΑΡΚΟ, η ΕΑΒ, τα «Ελληνικά Πετρέλαια», το «Αλουμίνιο της Ελλάδος», κ.α.